Серед проблем слід виділити наступні:
Перевищення гранично допустимих концентрацій формальдегіду в повітрі.Формальдегід – це канцероген 
, який утворюється в результаті спалювання органічного палива. Джерелом формальдегіду є і міські котельні, і викиди підприємств, і двигуни автомобілів та генераторів, і спалювання листя. Але найвищі значення концентрації формальдегіду спостерігаються саме на півдні, де він має ще одне «джерело» – під дією сонячного світла інші забруднюючі речовини, які є в повітрі, вступають в реакції, що призводять до утворення ще більшої кількості формальдегіду. Ця проблема характерна не тільки для Миколаєва, а й для Одеси, Херсона, Запоріжжя.
, який утворюється в результаті спалювання органічного палива. Джерелом формальдегіду є і міські котельні, і викиди підприємств, і двигуни автомобілів та генераторів, і спалювання листя. Але найвищі значення концентрації формальдегіду спостерігаються саме на півдні, де він має ще одне «джерело» – під дією сонячного світла інші забруднюючі речовини, які є в повітрі, вступають в реакції, що призводять до утворення ще більшої кількості формальдегіду. Ця проблема характерна не тільки для Миколаєва, а й для Одеси, Херсона, Запоріжжя.
Неконтрольоване промислове забруднення атмосферного повітря та водойм.Причинами цієї проблеми є недостатній та нерегулярний моніторинг якості атмосферного повітря та поверхневих вод, обмежені стимули для екологічної модернізації промислових підприємств і недостатній контроль за дотриманням екологічного законодавства. Кожне південне місто має власне промислове навантаження, яке може відрізнятися за галузями і видами викидів, але всюди є проблема державного екоконтролю, який зараз майже не функціонує. Найбільші підприємства, які є водночас найбільшими платниками податків в місцеві бюджети, утворюють в містах потужне промислове лобі, в той час, як думка громадськості і наукової спільноти часто ігнорується при ухваленні рішень.
Недостатня кількість зелених зон і відсутність «зеленого каркаса» міста.Збільшення площі зелених насаджень сприяє зниженню рівня шуму та температури, очищенню повітря, збереженню біорізноманіття. Для південних міст, які через глобальні зміни клімату будуть все частіше страждати від екстремальної спеки, це питання є особливо важливим. Крім того, існує проблема деградації міських зелених зон. Адже для того, щоб підтримувати зелені зони в належному стані, потрібно впроваджувати сучасні методи моніторингу і правила догляду за насадженнями. 
Проблема поводження з відходами, яка є характерною для великих міст, також займає чільне місце серед виявлених екологічних проблем. Відсутність системи сортування й повторного використання твердих побутових відходів, а також невеликий відсоток спалювання відходів призводять до їх накопичення у спеціальних місцях їх розміщення, а також до утворення несанкціонованих сміттєзвалищ.
Найгострішою соціальною проблемою Миколаєва є доступ до якісної питної води. Вона спричинена руйнуванням водогону російською федерацією у 2022 році. Але і для інших південних міст проблема з доступом до питної води 
– це питання, яке буде на порядку денному у зв’язку з глобальними змінами клімату. Так само, актуальною є проблема зношеності або відсутності каналізації в деяких районах, що своєю чергою призводить до забруднення ґрунту від просочування каналізаційних стоків. Звісно Миколаїв має і специфічні проблеми, пов’язані з конкретними підприємствами та іншими особливостями міста. Багато з них ми виявили під час обговорення екопроблем міста з активними мешканцями, представниками наукової спільноти, органів місцевого самоврядування, бізнесу. В цьому нам допоміг воркшоп, який ми провели в Миколаєві у березні. Неоцінену допомогу ми також отримали від спілкування з Експертно-громадська рада виконавчого комітету Миколаївської міської ради. Ми щиро дякуємо усім небайдужим мешканцям Миколаєва, які відгукнулися на нашу ініціативу.
Така висока залученість до визначення екопроблем продемонструвала готовність представників громадськості бути залученими до процесів розробки та прийняття управлінських рішень. Закликаємо місцеву владу усіх регіонів України забезпечити участь громадськості у формуванні місцевих політик. Це практика Європейського Союзу, яку ми маємо впроваджувати вже зараз, якщо хочемо отримати вступ до ЄС. Якщо ви не знаєте з чого почати – зробіть аналогічне дослідження екопроблем у своєму регіоні, залучивши до нього всіх небайдужих.
Про те, як проходило дослідження, і якими є його результати, читайте в повному звіті: https://www.savednipro.org/…/2024/07/analitichnij-zvit.pdf
Результати дослідження екопроблем Миколаєва та рекомендації щодо їх вирішення будуть направлені до Міської ради Миколаєва з метою їх подальшого врахування у стратегічних планувальних документах міста. Ми дякуємо міському голові Миколаєва Олександру Сєнкевичу та представниками структурних підрозділів Миколаївська міська рада за готовність до такої співпраці.
Проєкт «Посилення громадської участі у зеленому відновленні Миколаєва» реалізовано в рамках програми «Демократія і належне врядування», що здійснюється Міжнародний фонд “Відродження”. Матеріал представляє позицію авторів і не обов’язково відображає позицію Міжнародного фонду «Відродження».